祖國醫學有“醫食同源”之說。選擇使用藥膳時，應注意藥物與食物之間的搭配禁忌，即每種藥物及食物均有各自的偏屬性味，若搭配不當，則會減弱藥效，從而影響藥膳效用。比如：蘿卜忌人參，羊肉忌半夏，菖蒲、豬肉反烏梅、桔梗等。另外，藥膳的調味品必須以保持藥膳中藥材自身性味為原則，不應掩蓋或破壞藥膳原料的性味，以免削弱或喪失食藥原有功效。

選擇藥膳應該因人、因地、因時制宜，忌簡單拿來，盲目襲用。如老年人氣血衰少，生機減退，選擇藥膳時應以補肝腎為主；小兒生機旺盛，但氣血未足，臟腑嬌嫩，選擇藥膳時應以調整脾胃功能為主，不宜使用補劑。另外，選擇藥膳需順乎時令，合乎時序。如春季感冒，多為風溫之癥，宜選擇辛涼透表、清熱解毒；夏季發熱，則多為暑濕之證，宜選擇發汗解表、化濕祛暑。再就養生調補藥膳而言，春季宜升補，夏季而清補，秋季而平補，冬季而滋補。

選擇藥膳應了解疾病的性質。熱性病宜用寒涼性藥膳，忌辛熱之品；寒性病宜用溫熱性藥膳，忌咸寒之品。脾胃虛弱、消化不良忌油膩食物；瘡瘍、腫毒、過敏性皮膚病者忌魚、蝦、蟹、酒、豬頭、蔥、韭菜等易動風、助火、生痰的食品，以免加重病情。