隨著中西醫結合治療疾病的普及，其配伍也應嚴格掌握。配伍不合理不僅影響療效，而且會產生毒副作用，下列中藥不宜與抗生素合用。

    龍骨、珍珠、牡蠣、海螵蛸等含胸種鈣質，易與四環素類抗生素形成螯合物影響吸收，降低療效。

    血余炭、艾葉炭、煅瓦欏有強大吸附力，可減少抗生素在胃腸道的吸收。神曲、麥芽含有多種消化酶，某些抗生素使其活性受抑制，減弱其消食健胃功能。

    石膏、赤石脂、滑石等含鎂、鋁、鐵離子與四環素抗生素合用，形成螯合物而降低療效。玄胡、桅子、甘草等抑制胃酸分泌，影響四環素的吸收，四季青、黃藥子可損害肝臟，與四環素合用，毒性作用增加。五味子、山楂、烏梅可酸化尿液，使堿性的四環素、紅霉素療效降低。

    生姜、龍膽、蘿芙木等促進胃酸分泌，紅霉素破壞增加。顛茄類中藥抑制蠕動，延緩胃排空，紅霉素在胃中停留時間延長，破壞增加。地榆、虎杖、石榴皮等所含鞣質可與紅霉素結合，阻礙紅霉素吸收。中藥瀉劑巴豆、黑白丑等可加速紅霉素通過腸道，影響其吸收。

    犀角、珍珠中所含蛋白質及其水解產物(多種氨基酸)，可抵抗黃連素的抑菌作用而降低療效。

    茵陳對氯霉素的抗菌作用有拮抗作用，可降低氯霉素的療效。

    含有鞣質的中藥，如五倍子、訶子、石榴皮、地榆、棗樹皮、四季青、大黃等與灰黃霉素、制霉菌素、林可霉素等同服時，可結合成鞣酸鹽沉淀，不易被吸收。堿性中藥硼砂與氨基酸糖甙類抗生素如鏈霉素、卡那霉素、慶大霉素、新霉素、妥布霉素同時服用，可增加毒副作用。硼砂與弱酸性呋喃旦啶、青霉素、先鋒霉素同用時，可減少這些藥物的再吸收，降低血藥濃度。