一般說來，從受孕日(受精日)開始的大約3個禮拜期間，這時期所使用的藥，一般都不會對胎兒造成影響。不過，從懷孕2個半月到4個月初期為止，是胎兒身體器官形成的時期，在這段時期，有時候會因為所服用的藥量和種類因素，而引起胎兒身體畸形的危險。

在胎兒身體器官大致形成的懷孕4個半月以后，就沒有造成畸形之疑慮，不過，卻可能會影響胎兒各器官的發育。妊娠后，孕婦各個系統和器官均發生了一些變化，使許多藥物在體內的過程非但不同于非孕期，而且還能通過胎盤到達胎兒體內，影響胎兒，或通過乳汁影響新生兒。因此，近年來對于孕婦用藥已引起了廣泛的重視。藥物對胎兒、新生兒的影響，取決于藥物的種類、劑量、持續作用時間以及通過胎盤的速度和程度，特別取決于胎兒的發育處于什么階段及其藥物的反應。

在給孕婦用藥時，必須考慮到藥物對胎兒、新生兒的影響：

致畸：孕婦用藥引起胎兒畸形，多發生于妊娠12周以內，而以8周內影響最大。此期，胎兒正處于胚胎相繼分化和聯合階段，各系統尚未完全形成，如妊娠早期，使用某些種類的抗早孕反應藥（如安定、氯丙嗪等），某些保胎的激素類藥（雌激素等），部分抗生素（氯霉素、抗滴蟲藥、卡那霉素等），可能導致胎兒畸形。

致癌：目前已證實乙烯雌酚和乙烷雌酚有致癌作用。有報導，用過乙烯雌酚保胎的婦女所生女孩中，有0.14-1.4%成長到12-24歲之間，可能發生陰道透明細胞癌。此外，還可能引起流產、死胎和發育畸形。

發育缺陷：孕早期口服四環素，可能引起小肢體畸形，孕16周后用藥，可致牙質發育不全或骨質發育遲緩、乳牙發黃。

呼吸抑制：嗎啡、哌替啶，可抑制新生兒呼吸中樞，甚至死亡；利血平可引起新生兒鼻塞而導致呼吸困難。以上用藥，在胎兒娩出前1小時盡量不要應用。